Sonic'in gezegenine geri döndüğümüzde, Eggman 7 Chaos Emerald'ı topladı. Ve bu güç Sonic Eggman'i durdurmaya geldiğinde büyük sorun yarattı. Bu güç patlamaya neden oldu ve herkesi Sonic'in gezegeninden Dünya'ya getirtti. Sonic, arkadaşları ve 12 yaşındaki Christopher Thorndyke ile bütün Chaos Emerald'ları geri toplamak ve Dr. Eggman'i durdurmak için takım oldu.