Kyushu'nun sakin bir kasabasında yaşayan 17 yaşındaki Suzume, kendisine "Bir kapı arıyorum" diyen gezgin bir genç adamla karşılaşır. Adamın peşinden gider ve dağlardaki harabelerde, sanki bir çöküşten geriye kalan tek şeymiş gibi duran yıpranmış bir kapı keşfeder. Suzume sanki bir şey onu çekiyormuş gibi hisseder ve kapıya doğru uzanır... Çok geçmeden Japonya'nın çeşitli yerlerinde kapılar birbiri ardına açılmaya başlar. Kapıların diğer tarafından felaketler geldikçe, açık kapıların kapatılması gerekir. Yıldızlar, batan güneş ve sabah gökyüzü -Kapının içinde, dolaştığı yerde, tüm zamanları birbirine karıştırıyormuş gibi duran bir gökyüzü vardı. Gizemli kapıların rehberliğinde Suzume'nin "kapı kilitleme yolculuğu" başlar.