Nagito Komaeda Neo Dünya Programı'nda öldükten sonra uyanır.  Nasıl bir dünya görüyor ve neden uyandı? Nagito daha önce gördüğü öğrencilerle hiç var olmayan insanları görür. Süper Lise Seviyesi Şansı olamayan normal bir okula giden normal bir öğrencidir. Ana karakter olmakla kısıtlanmış olup, büyük bir yeteneğinin olmasının mutluluğunu etkileyeceğini düşünüyordur. Normal bir hayat yaşamanın, düzenli bir sekilde mutlu olmanın, ve arkadaşlarının normal bir gençliğe sahip olmasının muhteşem olduğuna inanıyordur. Fakat bir gün kızıl gözlü Hajime Hinata halinde olan, kendisine "Dünyaların Yok Edicisi" diyen bir çocuk ortaya çıkar. Nagito'nun dünyasını yok etmeye koyulur...