Yakın bir gelecekte, Lost Ground olarak bilinen yerde meydana gelen patlama ile açıklanamayan bir olay olur. Bu patlama insan ırkında yeni evrime neden olur ve böylece yeni bir insan ırkı ortaya çıkar. "Alter Kullanıcıları". Bu güce sahip insanlar çevredeki maddeleri istedikleri şekle sokabilmektedirler. Her insan bir olmadığı gibi, her alter kullancısı da bir değildir. Çok geçmeden bu yeni güçlerini kötü amaçlar için kullanmaya başlayanlar olur. Bunun önünü almak için alter kullanıcılarından oluşan "HOLY" adlı bir özel birlik kurulur. "Lost Ground" da bir native olarak hayatını sürdürmekte olan kanı kaynayan delikanlı Kazuma, HOLY''nin yeni hedefi olmaya adaydır.