Sho Fukamachi babasıyla yaşayan normal bir lise öğrencisidir. Bir akşam okuldan dönerken kız arkadaşı Mizuki ile birlikte bir patlama sesi duyarlar. Ardından ne olduğunu anlayamadıkları metalik bir cisim bulurlar. Sho, cismi nehre fırlatır fakat cisimden çıkan sayısız uzantı O'nu yakalayıp vücudunu sarararak nehre düşmelerine sebep olur.  Bu sırada Chronos adı verilen şirketin askerleri Mizuki'nin çevresini sarmıştır. Aniden Sho, nehirden çıkarak bütün askerleri kısa sürede yener. Artık Guyver denilen yaratıkla birleşmiştir. Bundan sonra Guyver, Sho'ya büyük bir güç verecek fakat bu gücün bir bedeli olarak şeytani Cronos şirketi ve zoanoid adı verilen yaratıklar Sho ile sevdiklerinin peşine düşecektir.