2027 yılında, yani IV. Dünya Savaşı'nın sona ermesinden bir sene sonrasında yaşanan olayları anlatan hikâyede, Newport şehrinde patlayan bir bombanın ülkenin en büyük silah tüccarlarından birini öldürmesi ve bu kişinin esrarengiz 501. Birim ile bağlantılarının var olduğu şüphesi üzerine Kamu Güvenliği Amiri Daisuke Aramaki, vücudu tamamen siber-protezle kaplı, uzman hacker Makoto Kusanagi'yi göreve çağırır.