500 yıldır bir mezar içinde uyuyan Bayonetta, "Umbra Witches" klanının en güçlü üyesidir. Bu klan, "Bullet arts" adlı bir dövüş sanatı ve "Wicked weave" (büyünün saçlarla şekillenmesi) büyü sanatını birleştiren bir cadı topluluğudur. Bayonetta 500 yıllık uykusundan gizemli bir şekilde uyanır ve hafızasını kaybeder. Bu duruma nasıl geldiğini öğrenmek için "Umbra Witches" 'in en büyük düşmanı olan"Lumen Sages" klanı ile savaşmak zorunda kalır.